全ゲノムシーケンス解析
全ゲノムシーケンス解析では、コーディング領域と非コーディング領域の両方を含む、ゲノムの包括的な特性評価を行います。がんの進行を促す変異の特定や、疾患との遺伝的関連の研究など、幅広いアプリケーションに利用できます。
お問い合わせはこちら特長
- Illuminaシーケンサー（NovaSeq™ X Plus）を用いた低価格・短納期の国内完結型解析サービス
- 厚労省による革新的がん医療実用化研究事業における全ゲノム解析等実行計画の推進にかかる研究参画、アカデミア大型プロジェクト受託実績
- 多様な検体（繊維性または肪性組織からの核酸抽出、低収量のDNAサンプルなど）に対応可能、前処理から解析レポートまで ワンストップのサービス提供
- シーケンスデータ量保証※ ※サンプルが品質基準を満たさない場合等を除き、必要なシーケンスデータ量を保証します。
- 柔軟なスループット対応により、小規模から大規模解析までサポート
解析内容
ご提供いただいたゲノムDNAよりライブラリーを作製後、Illuminaシーケンサーを用いてシーケンスを行います。取得したリードをゲノム参照配列へマッピングし、変異コールおよび遺伝子のアノテーションを行います。レーン貸切でのシーケンスや、シーケンスのみのご依頼も承ります。
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データ解析：通常解析
通常解析では、データQC（品質管理）により高品質なリードを抽出後、参照ゲノム配列へマッピングし、配列決定や変異検出（変異コール）に用います。アノテーションにより、遺伝子情報や変異の割り当てまで行います。
データQC
変異コールおよびアノテーション
| 対象 生物種 |
サンプル | 使用試薬 | シーケンサー | データ量 | データ解析 |
|---|---|---|---|---|---|
| ヒト マウス |
DNA | TruSeq DNA PCR-Free Sample Prep Kit |
NovaSeq 6000 | 100 Gb 150PE レーン貸切 |
データ解析なし |
| 通常データ解析※ |
※マウスの場合、データ解析はTheragen Bio.（弊社関係会社、韓国）にて実施いたします。
ご提供いただくサンプル
以下の条件を満たさない場合や、ウイルス等による感染性が疑われるサンプルの場合は事前にご相談ください。「ライブラリー作製およびシーケンス」の場合は、弊社にてQCを実施し、品質を満たさない場合はご連絡いたします。
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| 解析項目 | 材料 | 必要量 | 保存容器 | 保存方法 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| ライブラリー作製 および シーケンス |
DNA | 1.5 μg以上 (推奨：3 μg以上) 濃度 40 ng/µL以上 液量 20 µL以上 |
1.5～2 mL チューブ |
-20℃ | 推奨純度： OD（260/280）1.6～2.0、DIN 6.0以上 ・FFPE由来のDNAは解析できません。 ・通常インサートサイズ350 bpで解析いたします。 550 bpでの解析をご希望の場合は、サンプルの条件が異なりますので、ご相談ください。 |
| シーケンスのみ | DNA ライブラリープール |
2 nM、 200 μL以上 | 1.5～2 mL チューブ |
-20℃ | ライブラリープールの状態でご提出ください。 |
価格・納期
ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。
納品物
以下のデータを納品いたします。
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| データ解析なし | シーケンス結果報告書（レーン貸切の場合のみ） シーケンスデータ（Fastq） |
|---|---|
| 通常データ解析 | シーケンス結果報告書（レーン貸切の場合のみ） シーケンスデータ（Fastq） マッピングデータ（BAMファイル） 遺伝子変異リスト（SNV/InDelを含む) 転座などの構造変化（Structural Variants) Copy Number Variation (CNV) |
納品方法：USBメモリもしくはHDD（別途費用をいただきます）
ご依頼方法
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ご依頼
「解析依頼書」および別紙「サンプルリスト」に必要事項をご記入いただき、担当販売代理店までご提出ください。
「解析依頼書」はこちらからダウンロードいただけます。
※ご依頼の際は、「解析依頼書」に添付の「解析サービスのご利用にあたり」を必ずご確認ください。
※遺伝子組み換え生物等をサンプルとしてご提供いただく場合は、別途「遺伝子組換え生物等に関する情報提供用紙」もご送付ください。
「遺伝子組換え生物等に関する情報提供用紙」こちらからダウンロードいただけます。
サンプルのご送付
解析に必要なサンプルを、下記の送付先までご送付ください。月～金曜日（祝祭日を除く）着にて手配をお願いいたします。解析内容により、送付日の調整をさせていただく場合がございます。
- サンプルには、解析依頼書別紙「サンプルリスト」を同梱してください。
- 各サンプルチューブに、解析依頼書別紙「サンプルリスト」に記入したサンプル番号もしくはサンプル名を明記してください。
- サンプルは、以下の輸送条件にて着払いでご送付ください。
| サンプルの保存条件 | 輸送条件 |
|---|---|
| 冷凍（-20℃） | ドライアイス梱包・冷凍便 |
送付先詳細は「受託解析サービス ご利用案内」をご参照ください。
留意事項
- ご依頼内容により、Theragen Bio.（韓国）にて実施する場合があります。
- 倫理審査を要する研究に本サービスの結果をご利用される場合は、ご所属機関における倫理審査委員会の承認を得たうえでご依頼ください。詳細は、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託解析サービスについて」をご確認ください。
- サンプルにウイルス等による感染を疑うべき事情がある場合は、必ず弊社にご相談ください。安全の確認がとれない場合には、サービスの提供ができない場合がありますので、予めご了承ください。
- 個人情報に関しては、個人が特定できないよう匿名化したうえでご提供ください。
- お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後30日間保管し、当該期間の経過後に廃棄いたします。返却をご希望の場合は、事前にご相談ください。