全エクソームシーケンス解析・RNAシーケンス解析
全エクソームシーケンス解析では、ゲノム上のタンパク質をコードするエクソン領域（エクソーム）を選択的にキャプチャーし、効率的に解析することができます。疾患を引き起こす多くの変異はヒトゲノムの2%に満たないエクソン領域に位置することが知られており、全エクソームシーケンス解析を行うことで疾患に関わる遺伝子変異の情報を効率的かつ低コストで取得することができます。
RNAシーケンス解析は、細胞中に存在する既知の遺伝子転写産物（トランスクリプトーム）を網羅的に配列・発現解析し、定量化することができます。従来のマイクロアレイ等の手法に比べて新規の転写産物やスプライシングバリアント、融合遺伝子等を高精度に検出することができます。
特長
- 日本国内完結型の受託解析サービス（一部キット利用の場合を除く）
- イルミナシーケンサー（NovaSeq、NextSeq）を用いた低価格・短納期のNGS解析
- がん領域に特化したデータ解析サポート
解析内容
ご提供いただいたゲノムDNAより、SureSelect Target Enrichment（Agilent Technologies）およびHuman All Exon V6/V7を用いて解析対象となるエクソーム領域を濃縮したライブラリーを作製し、NextSeq 550もしくはNovaSeq 6000 （Illumina）を用いて網羅的にシーケンスを行います。レーン貸切でのシーケンスやシーケンスのみのご依頼も承っております。
いただいた
ゲノムDNA
断片化
ダイゼーション
(ターゲット
キャプチャー)
| 対象 生物種 |
サンプル | 使用試薬※ | シーケンサー | データ量 |
|---|---|---|---|---|
| ヒト | DNA | SureSelect XT Human All Exon V6 SureSelect XT Human All Exon V7 （国外にて実施） |
NovaSeq 6000 NextSeq 550 |
ご指定の データ量 レーン貸切 |
※その他のキットをご希望の場合はお問い合わせください。
ご提供いただいたRNAより、TruSeq Stranded mRNA、TruSeq RNA Exome（Illumina）等を用いてライブラリーを作製し、NextSeq 550もしくはNovaSeq 6000 （Illumina）を用いて網羅的にシーケンスを行います。レーン貸切でのシーケンスやシーケンスのみのご依頼も承っております。
RNA
| 対象 生物種 |
サンプル | 使用試薬※ | シーケンサー | データ量 |
|---|---|---|---|---|
| ヒト マウス |
Total RNA |
TruSeq Stranded mRNA TruSeq Stranded Total RNA TruSeq RNA Exome（ヒトのみ） |
NovaSeq 6000 NextSeq 550 |
ご指定のデータ量 レーン貸切 |
※その他のキットをご希望の場合はお問い合わせください。
がん領域に特化した、以下のデータ解析オプションを追加いただけます。
- ①体細胞遺伝子変異解析（全エクソームシーケンス解析）
- 腫瘍および正常サンプルの全エクソームシーケンスデータを比較し、体細胞遺伝子変異の検出とアノテーションの付加を行います。
- ②薬剤選択情報（全エクソームシーケンス解析）
- 腫瘍および正常サンプルの全エクソームシーケンスデータを比較し、体細胞遺伝子変異の検出とアノテーションの付加を行い、さらに検出された遺伝子変異に対応する分子標的薬の情報をご提供します。
- ご提供する情報には以下が含まれます。
- 体細胞遺伝子変異解析結果
- ミスマッチ修復遺伝子における遺伝子変異
- 遺伝子変異に対応する分子標的薬の情報
- ③遺伝子発現解析（RNAシーケンス解析）
- RNAシーケンスデータから遺伝子発現量（FPKM）を解析します。
ご提供いただくサンプル
以下の条件を満たさない場合や、ウイルス等による感染性が疑われるサンプルの場合は事前にご相談ください。「ライブラリー作製およびシーケンス」の場合は、弊社にてQCを実施し、品質を満たさない場合はご連絡いたします。
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| 解析項目 | 材料 | 必要量 | 保存容器 | 保存方法 | 備考 | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 全エクソーム シーケンス解析 |
ライブラリー作製 およびシーケンス |
DNA | 1 μg以上 | 1.5～2 mL チューブ |
-20℃ |
推奨純度： OD（260/280）1.7～2.0 DIN 6.0以上 |
| シーケンスのみ | DNAライブラリープール |
2 nM、 200 μL以上 |
ライブラリープールの 状態でご提出ください。 |
|||
| RNA シーケンス解析 |
ライブラリー作製 およびシーケンス |
RNA | 1 μg以上 濃度 40 ng/µL以上、 液量 20 µL以上 |
1.5～2 mL チューブ |
-80℃ |
推奨純度： OD（260/280）1.8～2.2 RIN 6.0以上 |
| 100 ng以上 |
TruSeq RNA Exomeの場合 DV200※ 70%以上 ※200ヌクレオチド以上のRNA 断片の割合 |
|||||
| シーケンスのみ | DNAライブラリープール |
2 nM、 200 μL以上 |
-20℃ |
ライブラリープールの 状態でご提出ください。 |
||
価格・納期
ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。
● 相乗りシーケンスプラン
全エクソームシーケンス、RNAシーケンスを、他サンプルとの相乗りで実施するプランです。取得データ量はご指定いただけます。既定の解析内容にて実施することで、より低価格、短納期にてご提供いたします。
| 工程 | ライブラリー作製試薬 | 対象 生物種 |
シーケンス 条件 |
納期 | |
|---|---|---|---|---|---|
| 全エクソームシーケンス | ・ライブラリー作製 およびシーケンス ・シーケンスのみ |
SureSelect XT All Exon V6 | ヒト | 100PE※ 150PE |
ライブラリー作製から： 1ヶ月 シーケンスのみ：2週間 |
| RNAシーケンス | TruSeq Stranded mRNA TruSeq RNA Exome |
ヒト マウス |
※ 100PEをご希望の場合は、150PEでシーケンスを実施後、データ解析時にトリミングいたします。
納品物
以下のデータを納品いたします。
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| 全エクソームシーケンス解析 |
シーケンス結果報告書 シーケンスデータ（Fastq） |
|
|---|---|---|
| RNAシーケンス解析 | ||
| データ解析オプション | 体細胞遺伝子変異解析 |
マッピングデータ（BAMファイル） 遺伝子変異リスト（SNV/InDelを含む、Excel) |
| 薬剤選択情報 |
マッピングデータ（BAMファイル） 遺伝子変異リスト（SNV/InDelを含む、Excel） 遺伝子変異に対応する分子標的薬リスト（Excel） ミスマッチ修復遺伝子における遺伝子変異リスト（Excel） |
|
| 遺伝子発現解析 |
マッピングデータ（BAMファイル） 発現遺伝子リスト（Excel） |
|
納品方法：以下のいずれか
・USBメモリもしくはHDD（別途費用をいただきます）
・クラウド
ご依頼方法
詳細を見る
ご依頼
- 「解析依頼書」および別紙「サンプルリスト」に必要事項をご記入いただき、担当販売代理店までご提出ください。
- 「解析依頼書」はこちらからダウンロードいただけます。
- ※ご依頼の際は、「解析依頼書」に添付の「解析サービスのご利用にあたり」を必ずご確認ください。
- ※遺伝子組み換え生物等をサンプルとしてご提供いただく場合は、別途「遺伝子組換え生物等に関する情報提供用紙」もご送付ください。「遺伝子組換え生物等に関する情報提供用紙」こちらからダウンロードいただけます。
サンプルのご送付
解析に必要なサンプルを、下記の送付先までご送付ください。月～金曜日（祝祭日を除く）着にて手配をお願いいたします。解析内容により、送付日の調整をさせていただく場合がございます。
- サンプルには、解析依頼書別紙「サンプルリスト」を同梱してください。
- 各サンプルチューブに、解析依頼書別紙「サンプルリスト」に記入したサンプル番号もしくはサンプル名を明記してください。
- サンプルは、以下の輸送条件にて着払いでご送付ください。
| サンプルの保存条件 | 輸送条件 |
|---|---|
| 冷凍（-20℃）、超冷凍（-80℃） | ドライアイス梱包・冷凍便 |
送付先詳細は「受託解析サービス ご利用案内」をご参照ください。
留意事項
- 倫理審査を要する研究に本サービスの結果をご利用される場合は、ご所属機関における倫理審査委員会の承認を得たうえでご依頼ください。詳細は、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をご確認ください。
- サンプルにウイルス等による感染を疑うべき事情がある場合は、必ず弊社にご相談ください。安全の確認がとれない場合には、サービスの提供ができない場合がありますので、予めご了承ください。
- 個人情報に関しては、個人が特定できないよう匿名化したうえでご提供ください。
- お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後30日間保管し、当該期間の経過後に廃棄いたします。返却をご希望の場合は、事前にご相談ください。