ライブラリー作製

ご提供いただいたtotal RNAの品質確認を行った後、cDNA合成時にPCR duplicationの除去を可能とする配列を含むアダプターを付加します。単一プライマーセットを用いた5’RACE法によりバイアス・ノイズを抑制したTCR/BCR遺伝子配列を増幅後、各サンプルにIndex（Nextera XT Index Kit v2 Set、Illumina）を付加し、シーケンスライブラリーを作製します。

シーケンシング・TCR/BCR遺伝子の決定

次世代シーケンサー Miseq（Illumina）を用いて、TCR/BCR由来の塩基配列を取得し、TCR/BCR遺伝子（V遺伝子、J遺伝子、CDR3領域）を決定します。

専用アプリケーション「ImmunoGrapher®」によるデータ解析

データ管理・グラフ作成アプリケーション「ImmunoGrapher®」により、お客様ご自身で以下の解析データを簡単に取得していただくことができます。（詳細はお問い合わせください。）

①TCR/BCRクローンの遺伝子情報	TCR/BCRの各鎖のV遺伝子情報、J遺伝子情報、CDR3領域のアミノ酸配列、各TCR/BCRクローンの検出頻度
②TCR/BCRクローンの頻度分布	「①TCR/BCRクローンの遺伝子情報」で得られた各クローンの検出頻度を円グラフで示すことができます。円グラフを用いることによって、各クローンの偏りを視覚的に確認することができます。
③多様度指数	TCR/BCRの各鎖の多様度を逆シンプソン指数で示します。多様度が高い場合、多様度指数は大きくなります。治療前後や感染の有無で生じるTCR/BCRの多様性変化を検証することができます。
④サンプル間の共通クローンの比較	基準とするサンプルから検出されたクローンについて、その他のサンプルにおける検出頻度を棒グラフもしくはヒートマップで示します。
⑤サンプル間のクローン検出頻度の相関	選択した2サンプル間のクローン検出頻度の相関を示します。

データ解析サポート

ご要望に応じて納品後もデータ解析等サポートいたします。研究内容に沿った解析の提案もいたしますので、ご相談ください。

対象生物種	材料	必要量・品質	保存容器	保存 方法	備考
ヒト マウス	RNA	PBMC由来：300 ng 以上 組織由来：2 μg以上 RIN 6.0以上またはOD（260/280）1.8～2.2	1.5～2 mL チューブ	-80℃	サンプルに含まれるT/B細胞由来のtotal RNA量が少ない場合、ライブラリーを作製できないことがございます。

解析結果報告書	Total RNAの品質確認結果（RNA量、RIN）およびシーケンス出力データ（シーケンシングの総リード数）
TCR/BCRシーケンス結果	専用アプリケーション「ImmunoGrapher®」へアップロードいたします。

納品方法：メール添付および解析用アプリケーション「ImmunoGrapher®」へアップロード
　　　　 （納品時にログイン用パスワードをご連絡いたします。）
　　　　 ※「ImmunoGrapher®」へのデータアップロード期間：納品より3か月

ご依頼

「解析依頼書」および別紙「サンプルリスト」に必要事項をご記入いただき、担当販売代理店までご提出ください。
「解析依頼書」はこちらからダウンロードいただけます。

※ご依頼の際は、「解析依頼書」に添付の「解析サービスのご利用にあたり」を必ずご確認ください。
※遺伝子組み換え生物等をサンプルとしてご提供いただく場合は、別途「遺伝子組換え生物等に関する情報提供用紙」もご送付ください。「遺伝子組換え生物等に関する情報提供用紙」こちらからダウンロードいただけます。

サンプルのご送付

解析に必要なサンプルを、下記の送付先までご送付ください。月～金曜日（祝祭日を除く）着にて手配をお願いいたします。解析内容により、送付日の調整をさせていただく場合がございます。

• サンプルには、解析依頼書別紙「サンプルリスト」を同梱してください。
• 各サンプルチューブに、解析依頼書別紙「サンプルリスト」に記入したサンプル番号もしくはサンプル名を明記してください。
• サンプルは、以下の輸送条件にて着払いでご送付ください。

サンプルの保存条件	輸送条件
超冷凍（-80℃）	ドライアイス梱包・冷凍便

詳細は「受託解析サービス　ご利用案内」をご参照ください。