シングルセルRNAシーケンス解析
組織特異的な遺伝子発現パターンや細胞間の相互作用を明らかにします。HIVE CLX™ Single-cell RNAseq Solution、10x Genomics Chromium、BD Rhapsody™シングルセル解析システムの3つのプラットフォームより選択いただけます。
- ・多くの scRNA-seq で採用されているマイクロ流路によるDroplet (ドロップレット) 法では解析が困難な顆粒球 (ex: 好中球)などの脆弱細胞集団の解析が可能です。
- ・大きな細胞や粘着性が高い細胞、不規則な形状を持つ細胞など、マイクロ流路に詰まりやすい特性を持つ細胞集団の解析が可能です。
- ・このような細胞特性は、炎症性細胞やがん細胞に認められることがありますが、HIVE CLX™ Single-cell RNAseq Solutionでは臨床生体サンプルなど多様性に富んだ細胞集団の解析も可能です。
- ・HIVE Collector と呼ばれる独自の検体保存容器を用いることで、脆弱細胞においてもシングルセル化を安定的に行い、加えて、長期間の凍結保存を可能とします。
- ・HIVEにおけるシングルセル化では、特別な装置を必要としません。
- ・シングルセル化にいたるタイムラグが削減されることで、様々なタイムポイントの解析が可能となります。
- ・学術論文に裏付けされた、Single-cell RNA解析手法を導入した弊社独自のパイプラインにより、遺伝子発現解析を行います。
Satija, Rahul, et al. "Spatial reconstruction of single-cell gene expression data."
Nature biotechnology 33.5 (2015): 495-502.
Butler, Andrew, et al. "Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species."
Nature biotechnology 36.5 (2018)
製品の詳細は、こちら(メーカーサイト)をご覧ください。
細胞の添加方法については、こちら(メーカーサイト)をご覧ください
ご提供いただくサンプル、および、解析条件
ご提供いただく サンプル |
保存 方法 |
送付条件※1 | 対象 生物種 |
解析 細胞数 [cells] |
添加細胞数※2, 3 [cells] |
シーケンサー | 獲得平均 リード数 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
調製済み細胞を 格納保存した HIVE Collector |
-80℃ | ドライアイス 梱包冷凍便 |
ヒト マウス |
10,000 | 30,000 | NovaSeq 6000 | 30,000 reads/cell |
5,000 | 15,000 | ||||||
3,000 | 9,000 |
*上記以外の条件をご希望の場合や、ウィルス等による感染性が疑われるサンプルの場合は事前にご相談ください。
受託フロー
- 細胞添加&
凍結輸送 - ・HIVE Collectorへの細胞懸濁液の添加(お客様により実施)
-80℃にて凍結後、弊社へ送付 - a)
ライブラリ作製&
シーケンシング - ・ライブラリー作製およびシーケンス解析
細胞をライセート化後、ハイブリダイゼーションおよびcDNA合成
Unique Dual indexを用いたシングルセル配列を Illumina NovaSeq6000 を用いて解読 - b)
1次解析 - ・BeeNet ソフトウェア (Honeycomb Biotechnologies社)を用いた1次解析
解読された配列(fastq)を元に、細胞の検出、および遺伝子発現量をカウント - c)
2次解析
(発現解析) - ・弊社独自の解析パイプラインによる2次解析(発現解析)
シングルセル RNA-seq 解析ソフトウェアパッケージ Seuratを基本にした弊社独自の解析パイプラインを用いて、より詳細な遺伝子発現解析を実施
2次解析データ例:
a) QC情報
b) 機能解析 & 次元削減
c) DEG解析 & ヒートマップ
納品物
以下を納品いたします。
- A) シーケンシングデータ
Fastqファイル - B) 1次解析結果
アライメント結果(bam形式)
遺伝子発現に関するテキストフォーマットでの行列データ(圧縮ファイル gz)
基本統計量(テキストフォーマット) - C) 2次解析結果
図 (png形式、及び、svg形式)*ヒートマップはpng形式のみでの提供
表(エクセル形式)
解析結果の詳細はこちら
特長
- シングルセルレベルで細胞の特性を解析し、細胞集団内の不均一性を特定
- トランスクリプトーム解析により、遺伝子発現プロファイリングを網羅的に取得
- 分子バーコード(UMI)を用いたPCR Duplicateや増幅バイアスの除去による、高精度な発現解析
解析内容
10x Genomics Chromiumプラットフォームにより、細胞の単離およびシングルセルライブラリーの作製を行い、Illuminaシーケンサーを用いてシーケンスを行います。取得したリードをゲノム参照配列にマッピング後、細胞バーコードやUMIのカウント数に基づき、細胞のクラスタリングや発現解析を実行します。
詳細を見る
対象 生物種 |
サンプル | 使用試薬 | 解析細胞数 | シーケンサー | データ量 | データ解析 |
---|---|---|---|---|---|---|
ヒト マウス |
調製済み細胞 1×106 cells~ |
Chromium Single Cell 3ʹ v3 Reagent |
2000 cells | NovaSeq 6000 | 1細胞あたりの 平均リード数: 20,000リード |
データ解析 なし |
5000 cells | データ解析 あり |
シーケンスのみのご依頼も承っております。シーケンスのみの場合は、10x Genomics以外で作製したライブラリーでも実施可能です。詳細は弊社までご相談ください。
データ解析
10x GenomicsのCell rangerパイプラインにより、取得したリードに対してアライメント、細胞カウンティング等の前処理後、Theragen Bio.独自のSeurat R packageパイプラインを用いた解析を行います。Seurat R packageでは、シングルセルの品質管理により低品質の細胞をフィルタリング後(細胞QC)、発現比較解析を行い、発現解析クラスタリングやクラスター間系統樹、発現レベルのヒートマップ等を生成します。
- 解析データ例:
シングルセルの品質管理(細胞QC)
発現解析およびクラスタリング(クラスター間系統樹、ヒートマップ等)
ご提出いただくサンプル
以下の条件を満たさない場合や、ウイルス等による感染性が疑われるサンプルの場合は事前にご相談ください。Theragen Bio.にてサンプルの品質確認を実施し、品質を満たさない場合はご連絡いたします。
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材料 | 必要量 | 保存容器 | 保存方法 | 備考 |
---|---|---|---|---|
調製済みの細胞※ | 1×106 cells以上 | 1.5~2 mLチューブ | -80℃ | ― |
※サンプルの調製方法はこちらをご参照ください。
納品物
以下を納品いたします。
- 各共通:解析報告書
- データ解析なし:シーケンスデータ(Fastq)
- データ解析あり:シーケンスデータ(Fastq)、Cell rangersデータ、Seurat R package
納品方法:ファイル転送(FTP)
価格・納期
ご依頼内容に基づき、価格と納期をご提案いたします。お気軽にお問い合わせください。
ご依頼方法
詳細を見る
ご依頼
「解析依頼書」および別紙「サンプルリスト」に必要事項をご記入いただき、担当販売代理店までご提出ください。
「解析依頼書」フォーマットは、お手数ですが弊社もしくは担当販売代理店までお申し付けください。
※ご依頼の際は、「解析依頼書」に添付の「解析サービスのご利用にあたり」を必ずご確認ください。
※遺伝子組み換え生物等をサンプルとしてご提供いただく場合は、別途「遺伝子組換え生物等に関する情報提供用紙」もご送付ください。
「遺伝子組換え生物等に関する情報提供用紙」こちらからダウンロードいただけます。
サンプルのご送付
解析に必要なサンプルを、下記の送付先までご送付ください。送付日につきましては事前にご相談ください。
- サンプルには、解析依頼書別紙「サンプルリスト」を同梱してください。
- 各サンプルチューブに、解析依頼書別紙「サンプルリスト」に記入したサンプル番号もしくはサンプル名を明記してください。
- サンプルは、以下の輸送条件にて着払いでご送付ください。
サンプルの保存条件 | 輸送条件 |
---|---|
超冷凍(-80℃) | ドライアイス梱包・冷凍便 |
詳細は「受託解析サービス ご利用案内」をご参照ください。
留意事項
- ご依頼内容により、Theragen Bio.(韓国)、またはイムノジェネテクス株式会社にて実施する場合があります。
- 倫理審査を要する研究に本サービスの結果をご利用される場合は、ご所属機関における倫理審査委員会の承認を得たうえでご依頼ください。詳細は、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託解析サービスについて」をご確認ください。
- サンプルにウイルス等による感染を疑うべき事情がある場合は、必ず弊社にご相談ください。安全の確認がとれない場合には、サービスの提供ができない場合がありますので、予めご了承ください。
- 個人情報に関しては、個人が特定できないよう匿名化したうえでご提供ください。
- お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後30日間保管し、当該期間の経過後に廃棄いたします。返却をご希望の場合は、事前にご相談ください。